Водният транспорт обхваща морския транспорт и навигацията по вътрешните водни пътища.
Последните насоки на европейската транспортна политика са подчинени на изграждане на устойчива транспортна система, отговаряща на икономическите, социалните и екологичните потребности, която да е напълноинтегрирана и конкурентоспособна, т.е. целта е постигане на "по-зелен" транспорт.
Водният транспорт предоставя значителни възможности, свързани с повишаване на ефективността и подобряване на екологичните показатели. Значението, което имат морските пространства за социално-икономическото развитие на Европа, налага съгласуването на целите на транспортната политика с тези на интегрираната морска политика за Европейския съюз.

Европейската комисия провежда методична и последователна политика за подобряване и модернизация на европейската транспортна мрежа (TEN-T), ползвайки разнообразен инструментариум от взаимно свързани концепции и програми: Shortsea shipping (европейско крайбрежно корабоплаване), Naiades (речен транспорт) ,MoS (морски магистрали), Marco Polo II (интермоделен/комбиниран транспорт) ,Freight transport logistics (товарна транспортна логистика) и други. 
Европейският съюз насърчава ръста при морския транспорт чрез редица мерки, включващи модернизация на инфраструктурите, хармонизация на оборудване и процедури, подобряване на морската безопасност и опазване на морската околна среда.

В началото на 2009 г. Европейската комисия публикува документа "Стратегически цели и препоръки за политиката на ЕС в областта на морския транспорт до 2018 г.", вкойто са представени основните стратегически цели на европейската система за морскитранспорт и се идентифицират ключовите области на действие, къдетоактивната намеса ще засили конкурентоспособността на сектора и в същото време щеподобри екологичните му резултати.
Един от важните стълбове на европейската транспортна политика в областта на корабоплаването е концепцията "Морски магистрали", целяща въвеждане в Европа на нови морски логистични връзки, които ще осигурят подобряване на достъпа до пазарите в Европа и ще облекчат натоварената пътна мрежа.
Значителният потенциал на речния транспорт предстои да бъде обхванат до голяма степен. Ако бъде предпочетен, трафикът по пътищата ще бъде намален. ЕС се е ангажирал да вдъхне нов живот на отрасъла, особено чрез програмата от мерки Naiades.

Свързаност, околна среда и "отключване на потенциала" са приоритетите, заложени в "Стратегия на Европейския съюз за развитието на Дунавското пространство".
 
Какво е състоянието на морската и речната индустрия в България днес
"Отговорът на този въпрос изисква един задълбочен и всеобхватен анализ, който да бъде направен от екип от висококвалифицирани специалисти. За съжаление след 1989 г. няма нито един анализ, който да показва не само състоянието на морската и речната индустрия, но и да очертава тенденциите за тяхното развитие. Нуждата от подобен анализ е огромна и се надявам той да се появи скоро", коментира к.д.п. Богдан Богданов, председател на Българската морска камара. И допълва: "Ако подобни анализи се изготвяха периодично, ако отговорните държавни институции се вслушваха в тревожния звън на камбаната, която браншовите организации и бизнесът бият от години, днес нямаше да се питаме: "Имаме ли морска и речна индустрия, какво е състоянието им и имат ли те изобщо бъдеще".
Липсата на секторни анализи е причината и за невъзможността да се изработи ясна концепция за превръщане на България в транспортен хъб, което не позволява на страната да извлече максималните ползи от своите пристанища и стратегическото си местоположение. Инвестициите в поддръжка и развитие на портовете намаляват, което е причината за технологичната им изостаналост. В същото време други конкурентни пристанища в региона привличат значителни средства за модернизация и разширение и се превръщат в основни търговски центрове за страните от Югоизточна Европа.
 
Пристанищната инфраструктура
Повече от половината от вноса/износа на страната минава през морските и речните пристанища. Те обслужват редица сектори - металургия, енергетика, лека промишленост, химическа промишленост и селско стопанство.
"Българските пристанища задоволяват предимно нуждите на местната икономика, която е сравнително малка, а оттам произтича основният им проблем – малкият обем товари. От една страна, той е причинен от икономическите сътресения след 2008 г. и незадоволителното състояние на инфраструктурата, които правят българските портове неатрактивни за големите товародатели от Азия и Русия. От друга страна, негативно влияние върху обема на товарите оказва и прекратяването на дейността на предприятието "Кремиковци", което се отразява в най-голяма степен на портовете в Бургас и Лом. През последните двадесет години държавата не инвестира достатъчно средства в пристанищната инфраструктура", се казва в тримесечния икономически преглед на Корпоративна търговска банка.
 
Перспективи за развитие
През България минават пет транспортни коридора, в страната има две големи морски и четири големи речни пристанища. Три от тях стъпват на централната, останалите на разширената TEN-T мрежа. Четири речни пристанища са по коридор VІІ, а едно от морските – на коридор VІІІ. През тях през 2011 г. са преминали почти 30 млн. тона товари. Каргото през пристанищата в ЕС за същата година възлиза на 3.7 млрд. тона. Българските портове тепърва трябва да развиват своя потенциал. А той е свързан с модернизация на пристанищната инфраструктура и съоръжения. Един от вариантите за това е привличането на частния сектор към изграждане, модернизация и експлоатация на българските пристанища чрез механизмите на концесията, основен приоритет на държавата през последните две години.

През 2012 г. Министерството на транспорта, информационните технологии и съобщенията стартира редица процедури за отдаване на концесия на речни и морски пристанища, за голяма част от които вече има избрани концесионери.
Паралелно с това се работи и по редица проекти, свързани с подобряване на корабоплаването по морските и вътрешните водни пътища, които се финансират с европейски средства по оперативна програма "Транспорт". Предстои да бъдат завършени проектите за  проектиране и внедряване на географска информационна система за управление на пристанищната инфраструктура, "Информационна система за управление на трафика на плавателните съдове" (VTMIS), "Създаване на речна информационна система в българския участък на река Дунав" (БУЛРИС) и др.
В следващия програмен период приоритетно средствата ще бъдат насочвани към подобряване на корабоплаването по р. Дунав (удълбочаване, изграждане на буни, укрепване на бреговете и закупуване на техника за поддържане на корабоплавателния път), изграждане на мултимодални терминали в Бургас, Видин и Русе, внедряване на интелигентни системи за управление на трафика във водния транспорт.