Предложения за подобряване на по-нататъшното изпълнение
Изпълнението на ОПТ до юни 2010 г. е незадоволително от гледна точна на темпа на оперативната работа и от гледна точка на постигнати и очаквани резултати.

Екипът на КУПФЕС смята, че е необходимо УО на ОПТ да предприеме решителни действия за подобряване в следните основни направления:
• Подобряване на административния капацитет за изпълнение на звената за изпълнение на ОПТ (вкл. чрез мерки за задържане на квалифициран персонал, интензивно обучение на наличните и назначаване на нови кадри, превъзлагане на етапи от проектната подготовка и изпълнение)
• Допълване на изискванията за преценка на очакваните въздействия от осъществяваните проектите (вкл. оценка на възможното териториално припокриване на природни територии и места по "Натура 2000" с терени за осъществяване на проекти за транспортна инфраструктура и зони на тяхно въздействие) и предприемане на корективни мерки спрямо тези очаквани въздействия (конкретно изграждане на обходни трасета, тунели и виадукти, екологични коридори, шумозаглушителни бариери, корективни мерки за намаляване на газовите емисии и др.)
• Актуализиране на индикативното финансово разпределение по приоритетите на програмата, за да се съобразят с приоритетите на ЕС за налагане на устойчив модел на транспорт, т.е. прехвърляне на допълнителен финансов ресурс за приоритет 1 за развитие на железопътна инфраструктура
• Изборът на приоритетни транспортни проекти да се базира на конкретни критерии, кореспондиращи с постигането на целите на ОПТ. Възприетият подход да се подкрепят всички готови проекти, за да не бъдат загубени  средства без преценка на качествения принос на тези проекти ("salami подход") трябва да се прекрати, тъй като показва липса на трезва мисъл и следване на зададените приоритети
• Считаме също, че е крайно наложително УО на ОПТ да подобри публичността, партньорството и диалогичността във връзка с работата със специализираните граждански организации по въпросите на транспорта
• За подобряване на прозрачността на своята работа УО на ОПТ следва да публикува списък и данни за одобрените за финансиране проекти и пълните официални протоколи от заседанията на Комитета за наблюдение на ОПТ.

Екипът на КУПФЕС прави и следните стратегически препоръки за следващия програмен период 2014-2020 г.:
• Разработването на стратегии и планове в транспортния сектор трябва задължително да включва цели и индикатори за тяхната устойчивост. Примерни такива могат да бъдат: намаляване на вредните газови емисии от транспортния сектор; изчисляване и сравнение на екологичен и въглероден отпечатък на различните транспортни проекти; подобряване на интегрираността между отделните видове транспорт; залагане на количествени цели за развитие на устойчив и комбиниран градски транспорт, а не само на метрорадиуси; намаляване на задръстванията; увеличаване дела на обществения транспорт; постигане на баланс между видовете транспорт; устойчиво изграждане и експлоатация, поддръжка и рехабилитация на изградената инфраструктура).
• Плановете и стратегиите в областта на транспорта трябва адекватно да разрешават проблемите, свързани с пътния транспорт, и да предотвратяват тяхното изостряне (чрез ограничаване на подкрепата за пътно-транспортни проекти).
• Да бъде завършено преструктурирането на железопътния транспорт с фокус върху предоставянето на качествени услуги, които да са конкурентни на пътния транспорт.
• Европейската стратегия за устойчиво развитие и 6-ата екологична програма на ЕС трябва да се интегрират при разработването на транспортните стратегии, планове и програми, което не е практика до момента;
• Общественият транспорт трябва да получи много по-значителна подкрепа при разработването на следващата програма за подкрепа на транспортния сектор от фондовете на ЕС.
• Фокусът на дейностите трябва да е насочен към задоволяване на вътрешните транспортни потребности на България и към връзките между регионите, чието развитие в момента е пренебрегнато за сметка на европейските транспортни коридори.
• Страничните въздействия и тяхното финансово остойностяване (external costs) от тежкотоварния пътен транспорт и от трафика в гъсто населените райони трябва да бъдат включени при анализите на транспортните ползи и разходи по тези проекти.